| 平成１２年 ７月３１日 | 第五次秋田県高等学校総合整備計画発表 横手工業高校は中高一貫教育校の母体校として改編 |
| 平成１３年 ３月 | 県南地区中高一貫教育校基本構想策定 |
| 平成１４年 ４月 | 教育庁高校教育課内に中高一貫教育校開設準備班設置 |
| 平成１５年 ５月 ８日
７月 |
安全祈願祭の挙行 県議会において設置条例案が可決 校名は「秋田県立横手清陵学院 中学校・高等学校」に決定 |
| 平成１６年 ３月１０日 ４月 １日 |
第１期工事終了 秋田県立横手清陵学院 中学校・高等学校設置 初代校長として荒川恭嗣高校教育課上席主幹が任命される 文部科学省の中高一貫教育推進校の研究指定を受け，実践研究 （平成１６、１７、１８、１９、２０年度） |
| １０月１６日 | 開校式の開催 |
| 平成１７年１１月２６日 | 竣工式の開催 |
| 平成２２年 ４月 | 文部科学省のＳＳＨ（スーパーサイエンスハイスクール）の指定を受ける |
| 平成２３年１１月 | 優良ＰＴＡ文部科学大臣表彰受賞 |
| 平成２６年１０月 １日 | 創立１０周年記念式典を挙行 |
| 平成２９年 ４月 | 秋田県探究活動等実践モデル校の指定を受ける（平成２９、３０年度） |
| 平成３１年 ４月 | 秋田県ＡＫＩＴＡグローバルネットワーク事業ネットワーク指定校となる |
| 令和 ３年 ４月 | ＩＣＴ活用推進モデル校の指定を受ける（令和３、４年度） |